Secondo una descrizione fatta dal padre guardiano Camillo Besi nel 1716 e dall’abate Gian Battista Angelini nel 1720, rintracciabili presso l’Archivio Storico del Comune, la chiesa di San Francesco, a tre navate e di dimensioni assai ampie, appare come la più grande e bella della città dopo S. Maria Maggiore. Purtroppo, con la demolizione avvenuta nel 1821, si salvano soltanto l’abside centrale, il cuore della chiesa, l’abside di sinistra detta anche cappella Bonghi, la cappella di S. Antonio da Padova (posta alla base della torre campanaria oggi distrutta, sul lato destro della chiesa) e parte delle tredici cappelle laterali. Gli affreschi che adornano queste sale sono databili tra la fine del XIV e gli inizi del XV secolo.
Nell’abside centrale, spazio quadrangolare un tempo voltato a crociera, erano collocati l’altare maggiore, un ampio e alto coro e, verso la parete destra, una vasca decente senza graticcio e senza piedistallo: probabilmente il battistero. Sulla parete centrale sono visibili resti di affreschi attribuiti al Maestro degli Anacoreti. Sulla parete sinistra entrando: Madonna col Bambino benedicente; S. Leonardo.
Commissionata dai Bonghi, nobile famiglia di Bergamo, l’abside di sinistra della chiesa è la cappella dedicata a San Pietro Apostolo. Essa è costituita da un vano a pianta quadrangolare voltato a crociera e munito di costoloni circolari che poggiano su mensole in pietra. Le pareti sono abbellite da un ciclo pittorico risalente al XIV secolo. Una piccola sagrestia, sempre affrescata, precede la cappella.
Ciò che rimane oggi delle tredici cappelle, un tempo dislocate lungo le tre navate della chiesa di San Francesco, sono le tre laterali lungo il lato destro e le tre di sinistra. La campagna di restauri, recentemente ultimata, delle cappelle laterali di sinistra ha riportato alla luce una parte della pavimentazione dell’antica chiesa e restituito gli affreschi dei lunettoni eseguiti da Giovan Battista Baschenis.