Numerosi sono gli studi che dall’Ottocento sino ad oggi si sono susseguiti per ricostruire la vicenda storica e artistica dei cicli pittorici che adornano le sale del Convento di San Francesco.
Ciò che sembra accomunare quasi tutte le teorie interpretative è l’origine medievale di un cospicuo numero di affreschi, riconducibili a maestri che si rifanno alla lezione pittorica veronese e lombarda, già attivi in città nel corso del Trecento: il Maestro degli Anacoreti, Pecino da Nova e il Maestro dell’Albero della Vita.
Probabilmente, a quest’ultimo si deve la realizzazione della Crocifissione posta nella sala capitolare, denominata "Crocifissione con S. Girolamo e dolenti, Maddalena e Santa" e risalente al quarto decennio del Trecento. I frammenti dell’affresco, rinvenuto durante i restauri del 1938 nella sala capitolare, rappresentano Cristo crocefisso, la Vergine e S. Gerolamo con il leone, S. Giovanni evangelista e un angelo in volo. Sulla stessa parete in due riquadri si trovano la Maddalena e due figure di santi non identificati.
Si tratta di uno degli affreschi trecenteschi più innovativi nella tradizione pittorica bergamasca, per due ragioni. Da un lato la costruzione dello schema compositivo risulta essere chiara ed equilibrata; la profondità è resa attraverso alcuni libri sparsi a terra. Dall’altro la conoscenza delle moderne tecniche di utilizzo del colore e della luce permette di descrivere volti che sembrano veri ed emotivamente partecipi della scena dolente.
La realizzazione dell’affresco è stata attribuita al Maestro dell’Albero della Vita, allora già attivo in Santa Maria Maggiore, in quanto alcuni elementi stilistico formali presentano analogie con l’affresco del Lignum Vitae.

Pianta del complesso con ubicazione degli affreschi trecenteschi

Nel Cinquecento nuovi cicli di affreschi vengono realizzati nel secondo chiostro, mentre altri settecenteschi si sovrappongono a quelli più antichi presenti nel chiostro delle Arche e nella chiesa.
Gli affreschi, spesso commissionati da nobili famiglie bergamasche, sono a soggetto religioso, in particolare ispirati ai temi della devozione mariana e francescana.